Krátkodobým odstavením filtru se rozumí doba max 72 hod, po kterou přes filtr nebude protékat voda chemicky a hygienicky zabezpečená. Před krátkodobým odstavením filtru se musí provést jeho řádné vyprání, aby se minimalizoval výskyt vyfiltrovaných organických částic ve filtrační náplní písku filtru. Během odstavení nevypraného filtru by mohlo dojít k intenzivnímu rozvoji mikroorganizmů ve filtrační náplni. Před opětným uvedením filtru do provozního stavu po ukončení krátkodobé odstávky filtru se doporučuje znovu vyprat filtr. Byla-li odstávka kratší (do 24 hod), pak se filtr nemusí znovu vyprat za předpokladu, že bazénová voda byla před odstavením filtru dostatečně hygienicky zabezpečena.